慢性支气管炎容易跟很多疾病混淆，特别是许多患者仅仅凭借症状就做出判断，这也是许多患者由于对慢性支气管炎缺乏足够的认识，从而耽误疾病治疗的主要原因。
慢性支气管炎中的喘息型要与支气管哮喘来区别。喘息型慢性支气管炎多见于中、老年患者，一般以咳嗽、咳痰伴发喘息及哮鸣音为主要临床表现。感染控制后症状多可缓解，但肺部仍可以听到哮鸣音。支气管哮喘常于幼年或青年突然起病，一般无慢性咳嗽、咳痰史，以发作性哮喘为特征。发作时两肺布满哮鸣音，缓解后可无症状，常有个人或家族过敏性疾病史。临床上，典型病例不难区别，但哮喘并发慢性支气管炎和/或肺气肿则难以区别。
支气管扩张以咳嗽、咳痰反复发作为特点，合并感染时有大量浓痰，或有反复和多少不等的咯血史。肺部以湿罗音为主，多位于一侧且固定在下肺。患者可有杵状指。
肺结核也应该与慢性支气管炎区别。肺结核患者多有发热、乏力、盗汗、消瘦等结核中毒症状，或咯血等局部症状。经X线检查和痰结核菌检查可以明确诊断。
肺癌。患者年龄常在40岁以上，常有多年吸烟史。常见症状为刺激性咳嗽，反复持续出现血痰，或者慢性咳嗽性质发生改变。通过X线或CT检查可发现肺部有块状阴影或结节状阴影。疑似肺炎患者，在经抗生素治疗后，如果效果欠佳，应该考虑肺癌的可能。检查痰脱落细胞及支气管镜活检对确诊有一定的意义。
矽肺和其他尘肺。有粉尘和职业病接触史。通过X线或CT检查有矽结节、肺门阴影扩大或肺纹理增多。
慢性咳嗽临床上也很常见，持续3周以上，一般来说相关检查无明确肺部疾病证据的咳嗽。这种咳嗽90%以上不是慢性支气管炎，常见于以下疾病。
鼻后滴漏综合征。约占慢性咳嗽的40%以上，多因急慢性鼻炎、鼻窦炎、变态反应性鼻炎、鼻息肉及药物性鼻炎等所致。当鼻腔、鼻窦出现炎症性疾病时，鼻和鼻窦分泌物流入咽喉部或呼吸道，刺激此处咳嗽感受器，产生咳嗽。因此，慢性咳嗽患者有鼻部疾病症状，如流涕、鼻塞、头痛等。怀疑有鼻腔、鼻窦病变时，应到耳鼻喉科就诊，进行鼻腔、鼻内镜、鼻窦X线或CT检查，在明确诊断后及时治疗。
咳嗽变异性哮喘，约占慢性咳嗽的20%多，有研究显示，5%~6%的支气管哮喘患者在出现典型的哮喘症状之前有些仅仅表现为顽固性咳嗽，常常被误诊为咽炎或气管炎，特别在儿童常见。如果缺乏早期适当的治疗，约有一半的患者将发展为典型的哮喘。
胃食管反流症，约占慢性咳嗽的20%以上，因此而引起的咳嗽经常被忽视。胃内容物可逆向运动进入食管下段，这种一过性改变即使是健康人每日也可以出现数次。通常发生在餐后，没有症状不被察觉，为生理性反流。当出现膈疝、胃酸过多、食管下括约肌功能不全等病症时，胃内容物反流严重，就会导致胃食管反流病。如果胃内容物刺激了神经或被误吸入呼吸道，导致呼吸道痉挛，即会产生咳嗽。所以这类患者除了具有慢性咳嗽、哮喘、声音嘶哑等症状外，还可能出现胃灼热、反酸、胸骨后疼痛、吞咽困难等症状。有些患者往往