拨开云雾见月明精准mNGS测序的应用 [复制链接]

一、病史简介

患者

男性，48岁，大学食堂厨师，于.12.14医院之江院区血液科。

主诉

确诊骨髓增生异常综合征（myelodysplasticsyndromes,MDS）3年余，发热3天。

现病史

患者3年前因皮肤粘膜医院就诊，查血常规提示血小板2*10E3/L，完善骨髓穿刺检查提示骨髓增生异常综合征（myelodysplasticsyndromes,MDS），给予相应治疗（具体不详）。定期监测血常规，血小板为20*10E9/L，其余无异常。3天前患者出现发热，体温未测，伴畏寒，全身酸软无力，无寒战，无咳嗽咳痰，无头晕头痛，无腹痛腹泻，无尿频尿急尿痛，自服柴胡颗粒，未见明显好转，今日至我院发热门诊就诊，测体温38.8℃，复查血常规：白细胞计数7.1*10E9/L，中性粒细胞(%)82.9%，超敏C反应蛋白.8mg/L；新型冠状病毒抗体IgM阴性，新型冠状病毒抗体IgG阴性；胸部CT：左肺下叶炎症。考虑患者肺炎、血小板低，予以收入住院进一步治疗。

自患病以来，神志清，精神一般，胃纳尚可，二便通畅，睡眠一般，体重无明显增减。

既往史及个人史

否认“高血压、糖尿病”等慢性病史，否认“肝炎、结核”等传染病史，否认重大手术外伤史，否认食物药物过敏史，有输血史，预防接种史随社会。

二、入院检查

体格检查

T38.8℃，P89次/分，R19次/分，BP/74mmHg。神志清楚，查体合作，颜面无浮肿，巩膜无黄染，浅表淋巴结未及肿大，口腔黏膜多发出血点，咽红，双侧扁桃体无肿大，左肺呼吸音低，右肺呼吸音粗，心律齐，未及早搏，各瓣膜听诊区未闻及明显病理性杂音，腹软，无压痛，无反跳痛，肝脾肋下未及，双下肢无水肿，病理征阴性。

实验室检查

血常规：白细胞计数7.1*10E9/L，中性粒细胞5.9*10E9/L，血红蛋白g/L，血小板计数21*10E9/L，超敏C反应蛋白.8mg/L；降钙素原（PCT）7.59ng/mL。

辅助检查

胸部CT：左肺下叶炎症，建议治疗后复查，左侧胸腔少量积液。

诊断及鉴别诊断

患者目前有发热、CRP及PCT明显升高，肺部CT提示左下肺炎症，肺炎的诊断明确。

肺炎的病原体诊断考虑如下/p>

1.金黄色葡萄球菌肺炎　

常发生于儿童或年老体弱者，中毒症状严重，身体其他部位有化脓性病灶，如疖、痈等；咳粉红色乳样或脓性痰；肺部X线检查具有特征性，常为多发性病灶，且在短期内变化很大，常迅速扩展，多并发气胸、脓胸；痰培养可发现凝固酶阳性的金黄色葡萄球菌。

2.克雷伯杆菌肺炎

多见于年老体弱者，起病急骤，中毒症状重，咳棕色胶冻样痰；严重者可有谵妄、黄疽、肺水肿、休克、呼吸衰竭等；X线表现为肺叶实变，其中有蜂窝状透亮区，叶间隙下坠，痰涂片或培养可找到克雷伯杆菌。

3.病毒性肺炎

呼吸道合胞病毒肺炎或腺病毒肺炎多见于儿童，中低度发热或高热，干咳，喘憋。某些全身中毒症状较重。肺部体征出现早，双肺叩诊鼓音，听诊细湿罗音及哮鸣音，X线或CT一般表现为间质性肺炎，片状阴影或融合成大病灶，一般CRP或PCT轻度升高，确诊有赖于抗原抗体检测、病毒培养或核酸检测。该患者发病时即出现明显实变，CRP及PCT均明显升高，病毒性肺炎可能性较小。

4.支原体肺炎

一般引起的肺炎病情较轻，白细胞常无明显增加。痰液病原体分离和血清免疫学试验有助于诊断。

5.肺结核

浸润性肺结核与轻型肺炎相似，但前者发病缓慢，中毒症状相对较轻，可有反复咯血，病灶常位于肺尖，X线检查其病灶有特征性。干酪性肺炎多有长期发热、乏力和消瘦，X线呈大片密度增高阴影，其中有多个不规则的薄壁空洞，对侧肺常有播散病灶。痰结核菌阳性，病程长，抗结核治疗有效。

6.侵袭性肺部真菌感染（invasivepulmonaryfungalinfection，IPFI）

是指真菌引起的支气管肺部感染，即真菌对气管支气管和肺部的侵犯，引起气道粘膜炎症和肺部炎症肉芽肿，严重者引起坏死性肺炎，甚至血行播散到其他部位。但需要注意的是，IPFI不包括真菌寄生和过敏所引起的肺部改变，分为原发性和继发性两种类型。原发性肺部真菌感染是指免疫功能正常、有或无临床症状的肺部真菌病；继发性肺部真菌感染是指伴有宿主因素和（或）免疫功能受损的真菌感染，后者在临床上常见。常见的真菌主要是念珠菌属、曲霉属、隐球菌属、接合菌（主要指毛霉）等。

三、进一步检查、诊治过程和治疗反应

.12.14

入院后予以美罗培南、利奈唑胺抗感染、溴己新化痰及补液、临时甲强龙40mg退热等对症支持治疗。

.12.17

患者仍然反复有39-40℃高热，并伴有胸闷气急，伴有谵妄，3-5L/min吸氧下，氧合维持在97%左右；

复查血常规+超敏CRP：白细胞计数2.8*10E9/L，中性粒细胞2.5*10E9/L，血红蛋白93g/L，血小板计数12*10E9/L，超敏C反应蛋白.5mg/L；

降钙素原（PCT）：2.64ng/mL；

复查肺部CT提示左肺下叶实变及右肺渗出较前（-12-14）进展，加用莫西沙星、卡泊芬净覆盖非典型病原体及热带念珠菌败血症可能。

.12.18

患者仍然反复发热，复查血常规+超敏CRP：白细胞计数1.9*10E9/L，中性粒细胞1.7*10E9/L，血红蛋白84g/L，超敏C反应蛋白.5mg/L；降钙素原（PCT）3.59ng/mL。

患者仍然反复发热，CRP、PCT再度升高，此前血培养均阴性，因血小板低无法行支气管镜及肺泡灌洗检查，故送检外周血病原微生物宏基因组检测，并停用利奈唑胺、美罗培南改用替加环素联合莫西沙星、卡泊芬净抗感染；并加用甲强龙40mgQ12H抗炎退热治疗。

.12.19

患者外周血病原微生物宏基因组检测提示鹦鹉热衣原体（4条序列），诊断明确，患者此时体温逐渐下降。

.12.20

停用替加环素、卡泊芬净，继续莫西沙星抗感染，甲强龙逐渐减量，患者肺部CT提示肺部病灶逐渐吸收好转。

四、最终诊断与诊断依据

最终诊断

1.社区获得性肺炎（鹦鹉热衣原体肺炎，重症）

2.骨髓增生异常综合征

诊断依据

患者中年男性，有MDS病史，主要以发热起病，血象提示CRP、PCT均明显升高，.12.14血常规：白细胞计数7.1*10E9/L，中性粒细胞5.9*10E9/L，血红蛋白g/L，血小板计数21*10E9/L，超敏C反应蛋白.8mg/L；降钙素原（PCT）7.59ng/mL；血培养、血G试验、GM试验均阴性，肺部CT提示左下肺实变，外周血mNGS提示鹦鹉热衣原体，故该诊断成立。

五、经验与体会

鹦鹉热衣原体是一种严格细胞内寄生的微生物，因其最常见的宿主——鹦鹉而得名。它的主要宿主为鸟类和家禽，人类因吸入含病原体污染的气溶胶或粉尘而致病，潜伏期5-14天，通常表现为高热、恶寒、头痛肌痛、咳嗽和肺部浸润性病变等特征，一般症状颇似感冒，但多数患者都出现肺炎。

血液科患者常常因白细胞减少、粒缺以及化疗、免疫抑制剂使用等导致免疫功能低下易并发各种细菌、真菌等感染。本例患者有MDS的血液基础疾病，伴有白细胞、血小板减少。然而，常规血培养、G试验、GM试验均阴性，无法为临床提供有效的病原学依据。同时，因为血象的影响绝大部分血液病患者无法安全进行支气管镜检查及肺泡灌洗等寻找致病病原体，而外周血病原微生物宏基因测序为本例患者的病原学诊断以及后续治疗提供可靠依据。

衣原体的培养要求较高，一般实验室难以开展。而病原微生物宏基因组测序不依赖传统的微生物培养，它直接对临床标本中的核酸物质进行高通量测序，通过与数据库进行比对分析，理论上能够快速客观地检测临床样本中的所有病原微生物（包括细菌、病毒、真菌、寄生虫等）。

然而，实际上mNGS对胞内菌等的检出率较低，因此即使检出序列数不高，也应该要将其考虑为致病病原微生物的可能。另外，通常病灶部位取样送检mNGS能获得最佳的阳性率。然而，本例患者由于血小板低无法行支气管镜及肺泡灌洗检查，故取外周血送检病原微生物宏基因组检测。测序回报检出4条鹦鹉热衣原体特异性序列，临床予以采纳，考虑鹦鹉热衣原体肺炎。

本案例表明，外周血病原微生物宏基因测序可以为血液病患者并发感染的诊断提供极大的帮助，应大力推广mNGS在血液科感染领域方面的应用，从而更好的、更快速地开展感染的精准治疗，降低患者感染相关的死亡率。

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